Het programma is evenwel onduidelijk over de instandhouding van de biodiversiteit in zeeën en oceanen, die evenzeer steeds verder afneemt. Een belangrijke rol bij deze afname spelen de visserij, en de vervuiling door activiteiten op land en op zee.
Cependant, des lacunes sont constatées dans le cadre de ce programme en ce qui concerne la préservation de la biodiversité en milieu marin, qui continue de se dégrader. Deux facteurs jouent toujours un rôle important dans la détérioration de la biodiversité de ce milieu marin: la pêche illégale, mais également la pollution due à des activités terrestres et maritimes.