Er zijn gevallen gemeld van multipele aangeboren afwijkingen (waaronder brachycefalie, dysplasie van de oren, reuzegrote voorste fontanel, buiging van het dijbeen en radiohumerale synostose) bij zuigelingen van wie de moeders gedurende drie maanden of langer werden behandeld met hoge doseringen (400-800 mg per dag) fluconazol voor coccidioïdomycose.
Des malformations congénitales multiples (y compris brachycéphalie, dysplasie auriculaire, fontanelle antérieure géante, incurvation fémorale et synostose radio-humérale) ont été rapportées chez des nourrissons dont les mères ont été traitées pendant trois mois ou plus par doses élevées de fluconazole (400-800 mg/jour) pour une coccidioïdomycose.