Zuclopenthixol wordt voornamelijk uitgescheiden via de faeces, maar ook in enige mate (ongeveer 10 %) via de urine. Enkel ongeveer 0.1 % van de dosis wordt onveranderd uitgescheiden met de urine, hetgeen erop wijst dat de belasting van het geneesmiddel op de nieren te verwaarlozen is.
L’excrétion de zuclopenthixol se fait surtout par les fèces et à un moindre degré (10 %) par l’urine.