Cis(Z)-flupentixol wordt voornamelijk uitgescheiden via de faeces, maar ook in enige mate via de urine.
Chez l’homme, après administration de flupentixol marqué au tritium, l’excrétion par les fèces correspondait à environ 4 fois l’excrétion par les urines. Cis(Z)-flupentixol est sécrété dans le lait maternel chez les mères qui allaitent.