Diese Stellen sind dafür zuständig, die Zahlungen zu tätigen bzw. die Rechnungsführung der Zahlstellen zu überwachen. Ferner sieht die Verordnung die Einrichtung von bescheinigenden Stellen vor. Hierbei handelt es sich um von den Mitgliedstaaten benannte öffentlich-rechtliche oder privatrechtliche Einrichtungen, die für die Bescheinigung der Verwaltungs- und Kontrollsysteme und der Jahresrechnungen der zugelassenen Zahlstellen zuständig sind.
Voorts worden bij deze verordening ook certificerende instanties opgericht. Een certificerende instantie is een door de lidstaat aangewezen publiek- of privaatrechtelijke instantie die is belast met de certificering van de door de erkende betaalorganen opgezette beheers-, toezicht- en controlesystemen en van de jaarrekeningen van die betaalorganen.
