Sowohl zwischen den einzelnen Programmen untereinander als auch zwischen ihnen und den EU-Forschungsprogrammen hat sich eine Kooperation entwickelt, die im wesentlichen auf bilateraler Basis stattfindet (insbesondere zwischen EU und EUREKA, ESA und der Europäischen Wissenschaftsstiftung).
Tussen deze organisaties onderling en met de onderzoekprogramma's van de Unie zijn vormen van samenwerking tot stand gebracht, en wel hoofdzakelijk op bilaterale grondslag (voornamelijk samenwerking van de Unie met EUREKA, ESA en de Europese Stichting voor Wetenschappen).