Die Agenturen müssen bestimmte Vorschriften einhalten, wie etwa die EU-Haushaltsordnung, ihre Durchführungsbestimmungen, die Rahmenfinanzregelung für dezentrale Einrichtungen und das Statut der Beamten der EU.
Agentschappen dienen specifieke verordeningen na te leven, zoals het Financieel Reglement van de EU, de uitvoeringsbepalingen ervan, de financiële kaderregeling van de gedecentraliseerde agentschappen, alsook het statuut van de EU-ambtenaren.