Einige Delegationen ziehen es vor, die derzeitige Leitungsstruktur beizubehalten, während mehrere Mitgliedstaaten eine Anpassung unterstützen, sofern die Zuständigkeit des Verwaltungsrats der Agentur uneingeschränkt gewahrt bleibt, damit sichergestellt ist, dass die Mitgliedstaaten an der Beschlussfassung der EMSA beteiligt sind, insbesondere wenn es um das Verfahren für die Ernennung des Exekutivdirektors geht.
Sommige delegaties behouden liever de huidige beheersstructuur, terwijl verscheidene andere lidstaten een aanpassing steunen op voorwaarde dat de bevoegdheid van de raad van bestuur van het agentschap ten volle in acht genomen wordt, om te garanderen dat de lidstaten zeggenschap hebben in de besluitvorming in het EMSA, met name waar het gaat om de benoemingsprocedure voor de uitvoerend directeur.
