Es wurde aber die Besorgnis geäußert, dass das neue Verfahren dazu führen könnte, dass die Kommission die institutionelle Verantwortung als Hüterin der Verträge einbüßen könnte, da es die Rücksendung der bei der Kommission eingehenden Beschwerden an den verantwortlichen Mitgliedstaat in primis für die inkorrekte Umsetzung des Gemeinschaftsrechts vorsieht.
Er was echter bezorgdheid gerezen over het feit dat de nieuwe werkmethode ertoe zou kunnen leiden dat de Commissie zich niet naar behoren zou kunnen kwijten van haar institutionele taak als hoedster van de Verdragen, aangezien de procedure bepaalt dat de klachten die de Commissie heeft ontvangen worden doorverwezen naar de betrokken lidstaten, die in eerste instantie verantwoordelijk zijn voor de onjuiste toepassing van de communautaire wetgeving.