Waterrekeningen spelen ook een rol bij het bepalen van het ecologisch verantwoord debiet, aangezien zij erop gericht zijn te waarborgen dat rekening wordt gehouden met de behoeften van de natuur en dat de waterbalans in een stroomgebied binnen ecologisch duurzame grenzen blijft.
La comptabilité de l'eau est étroitement liée à la détermination du flux écologique étant donné qu'elle doit permettre d'assurer le respect des besoins de la nature et de veiller à ce que le bilan hydrologique d'un bassin hydrographique donné reste dans des limites acceptables.