Algemeen gesteld werd via de structuurfondsen de opbouw van onderzoekcapaciteit in de regio's gesteund, met het accent op de materiële aspecten. De communautaire OTO-kaderprogramma's daarentegen steunden transnationale onderzoekprojecten die gebaseerd waren op wetenschappelijke en technologische expertise met een specifiek sociaal-economisch effect.
En gros, les Fonds structurels soutenaient le renforcement de la capacité de recherche dans les régions en s'attachant aux conditions matérielles de l'environnement de la recherche, alors que les Programmes-cadre de RDT communautaires soutenaient les projets transnationaux de recherche fondés sur l'excellence scientifique et technologique ayant une incidence socio-économique particulière.