Omdat deze test enkel een genoomvolgorde van het virus opspoort, kan de PCR ook positief zijn als er bij de virusisolatie geen besmettelijk virus is opgespoord (bijvoorbeeld in weefsel dat autolyse heeft ondergaan, monsters van herstellende varkens of monsters van varkens die genezen zijn en opnieuw klinisch normaal zijn).
Ce test ne décelant qu'une séquence du génome du virus, la PCR peut donner un résultat positif même lorsque le virus infectieux n'est pas détecté par isolement (par exemple, dans les tissus autolysés ou les échantillons de porcs convalescents qui se sont rétablis et sont devenus normaux sur le plan clinique).
