De Rekenkamer wijst echter ook op een aantal problemen, met name bij het gebruik van de Stabex-middelen - er werden kredieten overgedragen aan de Europese Investeringsbank, maar niet gebruikt - en bij de bedragen die moeten worden betaald aan de Europese Ontwikkelingsfondsen maar niet zijn opgenomen op de financiële balans van 31 december 2003.
La Cour des comptes pointe certains problèmes, surtout par rapport à l’utilisation des fonds Stabex, des fonds transférés à la Banque européenne d’investissement restés inutilisés et des charges à payer au Fonds européen de développement ne figurant pas dans le bilan au 31 décembre 2003.