De eis van onafhankelijkheid betekent dat de audits wel kunnen worden uitgevoerd door inhouse-deskundigen, op voorwaarde dat zij gekwalificeerd of geaccrediteerd zijn, dat zij niet direct bij de gecontroleerde activiteit zijn betrokken en dat de lidstaat een regeling heeft ingesteld om de kwaliteit daarvan te verzekeren en te controleren en desgevallend sancties op te leggen.
L’exigence relative à l’indépendance autorise la réalisation des audits par des experts internes à condition qu’ils soient qualifiés ou agréés, qu’ils ne participent pas directement à l'activité soumise à l'audit et que les États membres aient mis en place un système permettant de garantir et de contrôler leur qualité et d’imposer des sanctions le cas échéant.