Zoals reeds hoger aangegeven, rust de goede werking van de interne controle inderdaad op de menselijke persoon en daarom is een dergelijk systeem niet volledig vrij van fouten, fraude, externe gebeurtenissen die niet aan de organisatie gebonden zijn, slechte beslissingen, een slechte communicatie, machtsmisbruik, samenspanning, enz. Overigens beperkt de kost van de interne controle de keuze van de in te stellen maatregelen.
Car, comme déjà relevé plus haut, le bon fonctionnement du contrôle interne repose sur l'être humain et de ce fait un tel système ne peut être totalement à l'abri d'erreurs, de fraudes, d'événements extérieurs non liés à l'organisation, de mauvaises décisions, d'une mauvaise communication, d'abus de pouvoir, de collusion, etc. Par ailleurs, le coût du contrôle interne limite le choix des mesures à mettre en place.
