Het FAVV werkt vooral samen met het Directoraat-generaal Geneesmiddelen — voorheen de farmaceutische inspectie — en het Directoraat-generaal Veiligheid van de voedselketen van de FOD.
L'AFSCA collabore surtout avec la direction générale Médicaments — l'ancienne inspection pharmaceutique — et avec la direction générale Sécurité de la Chaîne alimentaire du SPF.