De steunprogramma's worden regelmatig onderworpen aan toezicht en controles: de tussentijdse evaluatie van Litouwen en Slowakije werd afgerond in 2007, de Commissie hield in 2007 een interne audit van de drie programma's, de Commissie en de Rekenkamer hielden een audit van het Central Project Management Agency, er heeft een audit plaatsgevonden met het oog op de afgifte van de betrouwbaarheidsverklaring 2008 door de Rekenkamer, en de Rekenkamer heeft een haalbaarheidsstudie verricht met betrekking tot een "full-performance" audit.
Le programme d'assistance a fait l'objet d'évaluations et d'audits réguliers: évaluation à mi-parcours pour la Lituanie et la Slovaquie finalisée en 2007, audits internes de la Commission européenne portant sur les trois programmes en 2007, audit de l'Agence centrale de gestion des projets réalisé par la Commission européenne et la Cour des comptes européenne, audit aux fins de la déclaration d'assurance (DAS 2008) conduit par la Cour des comptes européenne, ainsi qu'une étude de faisabilité de ladite Cour des comptes concernant un audit complet des performances.
