Ondanks het feit dat het Agentschap is opgericht op basis van het Euratomverdrag, als wettelijke instelling met een hoge mate van financiële autonomie, zorgt zijn relatie tot de Commissievoor een complex en onduidelijk financieel mechanisme, die slechts beperkte toegang biedt tot financiële informatie.
Bien que l’Agence ait été établie sur la base du traité Euratom, ayant une personnalité juridique et dotée d’un haut niveau d’autonomie financière, son lien avec la Commission créant un mécanisme financier complexe et opaque, d’où un accès limité aux informations financières.