Het EDCTP2 wordt door de EDCTP2-IS uitgevoerd op basis van een jaarwerkplan en een strategisch meerjarenwerkplan, die door de EDCTP2-IS, in overleg met de relevante belanghebbenden, worden opgesteld en die na goedkeuring, via collegiale toetsing, door de Commissie, door de algemene vergadering van de EDCTP2-IS worden vastgesteld.
Le programme EDCTP-II est mis en œuvre par l'EDCTP-II-IS sur la base d'un plan de travail annuel et d'un plan de travail stratégique pluriannuel élaborés par l'EDCTP-II-IS, en concertation avec les parties prenantes intéressées, et adoptés par l'assemblée générale de l'EDCTP-II-IS après une évaluation internationale par les pairs et sous réserve de l'approbation préalable de la Commission.