Vervolgens wordt het beheersysteem geïnstalleerd. Dit brengt met zich mee dat de verantwoordelijkheden worden verdeeld, werknemers worden getraind in het gebruik, documentatie wordt samengesteld, een reeks milieudoelstellingen wordt gekozen (die zo ambitieus kunnen zijn als de betreffende overheid passend acht), een actieprogramma wordt vastgesteld waarmee deze doelstellingen verwezenlijkt kunnen worden, middelen worden toegewezen en een controlesysteem wordt opgezet waarmee de relevante gegevens worden verzameld en toezicht kan worden gehouden op het functioneren van het systeem en de mate waarin de doelstellingen worden gehaald.
Le système de gestion est alors mis en place, ce qui suppose d'attribuer les responsabilités, de former les employés, d'établir une documentation, de sélectionner une série d'objectifs et de cibles en matière d'environnement (dont le degré d'ambition est à fixer par l'autorité), de définir un programme d'actions en vue d'atteindre ces cibles, d'allouer les ressources et de mettre en place un système d'audit afin de recueillir les données pertinentes et de surveiller le fonctionnement du dispositif et les progrès vers la réalisation des objectifs.
