Het protocol bij de overeenkomst is er in de eerste plaats op gericht om, binnen de grenzen van het beschikbare overschot, vangstmogelijkheden in de wateren van Sao Tomé en Principe toe te kennen aan de vaartuigen van de Europese Unie, met inachtneming van het beste beschikbare wetenschappelijke advies en de aanbevelingen van de Internationale Commissie voor de instandhouding van Atlantische tonijnsoorten (ICCAT – International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas).
L'objectif principal du protocole à l'accord est d'offrir aux navires de l'Union européenne des possibilités de pêche dans les eaux santoméennes, dans le respect des meilleurs avis scientifiques disponibles et des recommandations de la Commission internationale pour la conservation des thonidés de l'Atlantique (CICTA) et dans les limites du surplus disponible.