In de jaarrekening wordt een onderscheid gemaakt tussen de gemeenschappelijke kosten van ATHENA ter voorbereiding van operaties of in aansluiting daarop en de operationele gemeenschappelijke kosten van alle tijdens dat begrotingsjaar uitgevoerde operaties, alsook tussen de diverse ontvangsten en de ontvangsten van lidstaten en derde staten.
Le compte annuel de gestion distingue les coûts communs d'ATHENA afférents à la préparation ou à la suite des opérations et les coûts communs opérationnels de chaque opération menée au cours de durant l'exercice concerné, ainsi que les recettes diverses et les recettes provenant des États membres et des États tiers.