De EU zorgt al sinds de oprichting van Amisom voor een belangrijk deel van de financiering, zowel via de Afrikaanse Vredesfaciliteit (het belangrijkste EU-instrument voor vrede en veiligheid in Afrika) als met bilaterale bijdragen van de lidstaten.
Depuis le déploiement de l'AMISOM, l'UE en est l'un des principaux bailleurs de fonds, à la fois par l'intermédiaire de la facilité de soutien à la paix pour l'Afrique, principal outil de l'UE pour soutenir la paix et la sécurité en Afrique, et par les contributions bilatérales de ses États membres.