Hoewel er geen aanwijzingen zijn dat clomifeencitraat teratogeen is bij de mens, werden toch aangeboren misvormingen waargenomen na toediening van hoge doses clomifeencitraat aan drachtige ratten en konijnen.
Bien qu'il n'y ait pas d'évidence que le citrate de clomifène soit tératogène chez l'homme, des malformations congénitales ont toutefois été observées après administration de fortes doses de citrate de clomifène à des rates et des lapines en gestation.