Bactrim blijft vaak actief op kiemen die resistent zijn tegen één van zijn twee bestanddelen. Het mechanisme van bacteriële resistentie bestaat gewoonlijk in de productie van nieuwe plasmide-enzymen die resistent of partieel resistent zijn tegen TMP of SMZ.
Habituellement, le mécanisme de la résistance bactérienne consiste en la production de nouvelles enzymes plasmidiques, résistantes ou partiellement résistantes au TMP ou au SMZ.