Doxycycline kan ook worden gebruikt, meestal in associatie met quinine, bij de behandeling van malaria, veroorzaakt door multiresistente stammen. Omwille van het groot aantal resistente stammen van stafylokokken en streptokokken moet de gevoeligheid van de stammen gekend zijn voor de behandeling.
La doxycycline peut également être utilisée, le plus souvent en association avec de la quinine, dans le traitement de la malaria, provoquée par des souches multi-résistantes