De bijwerkingen van saquinavir, ingenomen samen met ritonavir, die het meest zijn gemeld (bij meer dan 10 op de 100 personen), betreffen het maagdarmkanaal, waarbij misselijkheid, diarree, vermoeidheid, overgeven, winderigheid en buikpijn de meest voorkomende zijn.
Les effets secondaires les plus fréquemment rapportés (chez plus de 10 personnes sur 100) pour le saquinavir pris avec le ritonavir concernent le tube digestif avec le plus souvent : nausées, diarrhée, fatigue, vomissements, gaz et douleur abdominale.