Biochemische factoren die indicatief kunnen zijn voor erfelijke of verkregen aanleg voor veneuze of arteriële trombose zijn onder meer geactiveerde proteïne-C (APC)-resistentie, hyperhomocysteïnemie, antitrombine-III-deficiëntie, proteïne-C-deficiëntie, proteïne-S-deficiëntie, antifosfolipide-antilichamen (anticardiolipine-antilichamen, lupus-anticoagulans).
Certains facteurs biochimiques peuvent indiquer une prédisposition héréditaire ou acquise à une thrombose veineuse ou artérielle ; il s’agit de la résistance à la protéine C activée (PCa), l’hyperhomocystéinémie, la déficience en antithrombine-III, la déficience en protéine C, la déficience en protéine S, des anticorps antiphospholipidiques (anticorps anticardiolipines, lupus anticoagulant).