Dankzij zijn bijzondere werking, bestaat er geen kruisresistentie tussen ciprofloxacine en andere anti-bacteriële componenten met een chemisch verschillende structuur zoals de bètalactamines, de aminoglycosiden, de tetracyclines, de macroliden, en peptide-antibiotica, evenals de sulfamiden, trimethoprim, nitrofuran en hun derivaten.
Grâce à son action particulière, il n'existe pas de résistance croisée entre la ciprofloxacine et d'autres composants antibactériens à une structure chimique différente tels que les bêtalactamines, les aminoglycosides, les tétracyclines, les macrolides et les antibiotiques peptidiques ainsi que les sulfamides, le triméthoprime, le nitrofuranne et leurs dérivés.