Ondanks het feit dat het Agentschap is opgericht op basis van het Euratomverdrag, als wettelijke instelling met een hoge mate van financiële autonomie, zorgt zijn relatie tot de Commissievoor een complex en onduidelijk financieel mechanisme, die slechts beperkte toegang biedt tot financiële informatie.
Obgleich sie auf der Grundlage des Euratom-Vertrags als eine Agentur mit Rechtspersönlichkeit und einem gewissen Maß an finanzieller Autonomie errichtet wurde, zieht ihre Verbindung zur Kommission einen komplizierten und undurchsichtigen Finanzmechanismus nach sich, der nur einen begrenzten Zugang zu Finanzinformationen gestattet.