L'exécution et le déroulement des contrôles s'effectuent sur la base de procédures communes à tous les contrôles et incluent l'utilisation de questionnaires préalables adressés aux Etats membres, le recours à des check-lists à utiliser sur place afin d'assurer la cohérence du contrôle et la rédaction d'un rapport à la suite du contrôle.
De controles verlopen volgens procedures die voor alle controles dezelfde zijn. Er wordt gebruik gemaakt van vragenlijsten die voorafgaandelijk aan de lidstaten worden toegezonden en van checklists die ter plaatse worden gebruikt om de samenhang van de controle te verzekeren. Na de controle moet een verslag worden opgesteld.