Les droits conférés par les brevets européens à effet unitaire pourraient parfois entrer en contradiction avec d'autres domaines de la politique de l'Union européenne. Il est dès lors impératif de garantir leur compatibilité avec la législation de l'Union, comme le prévoit l'article 326 du traité FUE ("Les coopérations renforcées respectent les traités et le droit de l'Union").
De uit een Europees octrooi met eenheidswerking voortvloeiende rechten kunnen soms botsen met andere beleidsterreinen van de EU en daarom moet ervoor worden gezorgd dat zij in overeenstemming zijn met het EU-recht, zoals bepaald in artikel 326 VWEU ("Bij nauwere samenwerking worden de Verdragen en het recht van de Unie geëerbiedigd").
