La directive poursuit essentiellement deux objectifs: d'une part, elle vise à harmoniser les législations nationales concernant les compléments alimentaires, en sorte de réduire voire d'éliminer les problèmes considérables auxquels se heurte la libre circulation des compléments alimentaires; d'autre part, elle tend à garantir dans toute la mesure voulue la protection des consommateurs dans tous les États membres de l'Union européenne s'agissant de l'utilisation des compléments alimentaires.
Met de richtlijn wordt hoofdzakelijk tweeërlei nagestreefd: enerzijds harmonisatie van de nationale wetgevingen inzake voedingssupplementen teneinde de aanzienlijke problemen bij het vrije verkeer van voedingssupplementen te verminderen dan wel uit de weg te ruimen; anderzijds een adequate consumentenbescherming in alle lidstaten van de Europese Unie bij de toepassing van voedingssupplementen.