Son but est de constituer un cadre pour les échanges internationaux d'organismes génétiquement modifiées (OGM) ou, pour reprendre la terminologie de la convention, "des organismes vivants modifiés issus de la biotechnologie moderne, qui peuvent avoir des effets défavorables sur la conservation et l'utilisation durable de la diversité biologique ou qui représentent un risque pour la santé humaine".
Its aim is to provide a framework for international trade in Genetically Modified Organisms (GMOs), or, to adopt the Convention's own terminology, "living modified organisms resulting from modern biotechnology" where these may have "adverse effects on the conservation and sustainable use of biological diversity, taking into account risks to human health".