En dernier ressort, les projets ERA-NET doivent déboucher sur une collaboration approfondie recouvrant notamment la planification stratégique et l'élaboration de programmes de recherche communs, l'ouverture réciproque des programmes de recherche nationaux à des scientifiques d'autres pays membres, l'organisation d'appels de propositions conjoints, et le lancement de programmes réellement transnationaux financés en commun.
Ultimately, ERA-NETs are expected to lead to significant collaboration, including the strategic planning and design of joint research programmes, the reciprocal opening of national research programmes to researchers from other member countries, the organisation of joint calls for proposals, and the launch of jointly funded, fully transnational programmes.