Depuis lors, un certain nombre d'organisations de la société civile se sont demandé si Frontex s'applique à se conformer à la Charte comme, par exemple, lors de son déploiement de gardes-frontières de l'UE en Grèce, où des immigrés ont été transférés dans des centres de rétention, pour y être détenus dans des conditions critiquées par la Cour européenne des droits de l'homme.
Since then, a number of civil society organisations have questioned whether Frontex is doing enough to comply with the Charter, for example, in its deployment of EU border guards to Greece where migrant detainees were kept in detention centres under conditions which have been criticised by the European Court of Human Rights.