Certains ONA ne semblent pas être suffisamment indépendants. La Commission a examiné l'indépendance des ONA qui assumaient de surcroît le rôle d'organisme de contrôle du secteur ferroviaire défini par la directive 2012/34/UE (anciennement directive 2001/14/CE).
Where the NEB is also the rail regulatory body under Directive 2012/34/EU (previously Directive 2001/14/EC), its independence was examined by the Commission.