Pour ce qui est de l'interprétation de cette directive, les ambiguïtés existantes (en ce qui concerne, notamment, les valeurs seuils, les limites d'une installation, les modifications substantielles/non substantielles, l'état satisfaisant du site ou l'efficacité énergétique) créent de fait une grande insécurité juridique pour la mise en œuvre de la directive.
Lack of clarity in the interpretation of Directive 96/61/EC (inter alia with regard to threshold values, installations boundaries, whether changes are substantial or not, satisfactory state of an industrial site, and energy efficiency) has already led to serious uncertainties in the implementation of the Directive.