L'allocation des quotas s'effectuera essentiellement par voie d'enchères, mais jusqu'en 2020, une certaine part de quotas continuera d'être attribuée à titre gratuit au secteur industriel afin notamment de réduire les coûts à la charge des installations dans les secteurs considérés comme exposés à une concurrence non négligeable des pays tiers.
Although auctioning will become the main principle for allocating allowances as of 2013, a proportion of free allowances will still be given to industry until 2020, notably to reduce costs for installations in sectors deemed to be exposed to significant competition from outside the EU.