En 2004, la Commission européenne a estimé à 6,1 milliards d'euros le coût total annuel de gestion du réseau Natura 2000[8]. À cela s'ajoutent les mesures de conservation prises par les États membres en dehors des sites Natura 2000 afin d'atteindre les objectifs de la directive.
In 2004, the European Commission estimated that the total annual cost of managing the Natura 2000 network was €6.1 billion.[8] Added to this are the conservation measures that Member States take outside Natura 2000 sites to achieve the objectives of the Directive.