The Commission subsequently proposed a negotiating mandate (June 2006). Not one, but two negotiating mandates were then given to the Commission by the Council (November 2006): one related to amending the agreement on the basis of Article 106(1) (amendment clause), allowing the Council to adopt any amendment proposed by any party to the agreement; the other allowed bilateral negotiations to be opened on revising the provisions of the agreement with regard to its political dimension and matters concerning justice, freedom and security.
De Commissie heeft vervolgens een onderhandelingsmandaat voorgesteld (juni 2006), waarop de Raad haar niet een, maar twee onderhandelingsmandaten gegeven heeft (november 2006), het ene voor wijziging van de overeenkomst op grond van haar artikel 106, eerste alinea (wijzigingsclausule), dat de samenwerkingsraad in staat stelt om zich over elk wijzigingsvoorstel uit te spreken dat door een van de verdragspartijen ingediend wordt; het andere mandaat maakt het mogelijk om bilaterale onderhandelingen tot herziening van de artikelen van de overeenkomst aan te vatten die haar politieke aspecten regelen, en al wat met justitie, vrijheid en veiligheid te maken heeft.