Im Rahmen der Komponente II (Grenzübergreifende Zusammenarbeit) werden grenzübergreifende Maßnahmen unterstützt, an denen entweder nur begünstigte Länder oder aber begünstigte Länder und Mitgliedstaaten beteiligt sind; sie umfasst auch die Teilnahme IPA-begünstigter Länder an den länderübergreifenden und überregionalen EFRE-Programmen sowie (gegebenenfalls) an den ENPI-Programmen für den Schwarzmeer- und Mittelmeerraum.
Sector II, Grensoverschrijdende samenwerking, steunt grensoverschrijdende activiteiten tussen de begunstigde landen onderling en tussen de begunstigde landen en de lidstaten en omvat ook de deelneming van IPA-begunstigden aan EFRO-programma's voor transnationale en interregionale samenwerking en aan ENPI-zeebekkenprogramma's.