Da das Gemeinschaftspatentgericht erst nach einer Übergangsfrist eingerichtet wird (spätestens 2010), enthält der Vorschlag eine Übergangsbestimmung, wonach bis zum Ablauf dieser Frist die nationalen Gerichte zuständig bleiben.
Aangezien het Gemeenschapsoctrooigerecht pas na afloop van een overgangsperiode wordt ingesteld (uiterlijk in 2010), omvat het voorstel een overgangsbepaling op grond waarvan de nationale gerechten tijdens die periode bevoegd blijven.