Gleichzeitig stellt sich die Frage, wie die bisweilen widersprüchlichen Ziele der Donaustrategie, wie beispielsweise Wasserqualität, Verbesserung der Umweltsituation, Schiffbarkeit, energetische Nutzung oder Ökotourismus, unter einen Hut gebracht werden können.
Aan de andere kant is de vraag hoe de soms tegenstrijdige doelstellingen die in de EU-strategie voor het Donaugebied zijn vastgelegd, zoals de kwaliteit van het water, de ontwikkeling van de toestand van het milieu, bevaarbaarheid, optimaal gebruik van energie en ecotoerisme, met elkaar in overeenstemming kunnen worden gebracht.