Von Februar 2010 bis Dezember 2011 war Markopouliotis Kabinettchef des für maritime Angelegenheiten und Fischerei zuständigen Kommissionsmitglieds Maria Damanaki, und seit März 2012 leitet er die Vertretung der Kommission in Zypern.
Van februari 2010 tot december 2011 was de heer Markopouliotis hoofd van het kabinet van commissaris Maria Damanaki, bevoegd voor Maritieme Zaken en Visserij en sinds maart 2012 is hij hoofd van de vertegenwoordiging van de Commissie op Cyprus.