Im Fall von Unionsquarantäneschädlingen müssen Tilgungsmaßnahmen im gesamten Gebiet der Union durchgeführt werden, während diese bei Auftreten von Schutzgebiet-Quarantäneschädlingen nur in bestimmten Schutzgebieten durchgeführt werden müssen, in denen bestimmte Schädlinge nicht vorkommen, deren Auftreten aber in anderen Teilen des Unionsgebiets festgestellt wurde.
Voor EU-quarantaineorganismen zijn uitroeiingsmaatregelen op het gehele grondgebied van de EU nodig, terwijl dat voor BG-quarantaineorganismen enkel het geval is in specifieke beschermde gebieden waar bepaalde plaagorganismen niet voorkomen, terwijl bekend is dat zij in andere delen van het grondgebied van de EU wel voorkomen.