Ein wichtiges immanentes Problem der Verordnung ist, dass sie den Mitgliedstaaten erlaubt, die Mehrheit ihrer Eisenbahndienste von den Vorschriften der Verordnung auszunehmen.
Een belangrijke kwestie die inherent is aan de verordening is dat de lidstaten het grootste deel van hun spoorwegdiensten kunnen vrijstellen van de meeste bepalingen van de verordening.