Die Agentur hat einen Verwaltungsrat, der sich aus je einem Vertreter der Mitgliedstaaten sowie zwei Vertretern der Kommission zusammensetzt, von denen einer den Vorsitz im Verwaltungsrat wahrnimmt; außerdem gehört dem Verwaltungsrat ein Beobachter der Europäischen Investitionsbank an.
EAR heeft een raad van bestuur die is samengesteld uit vertegenwoordigers uit alle lidstaten, twee vertegenwoordigers van de Commissie, van wie er een als voorzitter fungeert, en een waarnemer van de Europese Investeringsbank.