Es ist jedoch anzumerken, dass Biokraftstoffe auch so produziert werden können, dass es nicht zu einer Reduzierung von Treibhausgasen kommt oder dass gar die Umwelt erheblich geschädigt wird. Dies ist zum Beispiel der Fall, wenn Naturlandschaften mit hoher Artenvielfalt in Anbauflächen umgewandelt werden.
Wel is het zo dat er productiemethoden voor biobrandstoffen bestaan die de uitstoot van broeikasgassen niet verminderen en aanzienlijke milieuschade veroorzaken. Dit gebeurt bijvoorbeeld als land gekenmerkt door natuurlijke milieus met een hoge diversiteit in gebruik wordt genomen voor biobrandstofwinning.