Nichtsdestotrotz besteht eine bleibende Gefahr, die mit der Möglichkeit zusammenhängt, dass die für eine Transkomplementation erforderlichen Bedingungen unbeabsichtigt geschaffen werden. Während der Produktionsphase ist jedoch eine genetische Rekombination mit den transkomplementanten Sequenzen oder eine Kontaminierung der Präparation durch Wildtyppartikel zu befürchten.
Tijdens de productiefase kan men een genetische recombinatie met de transcomplementatiesequenties of een contaminatie van het mengsel met wild type viruspartikels vrezen.